La Ciudad Morena ha sido marcada a lo largo de su historia por guerras y conflictos, fue fundada por los mayas, en la época precolombina, en el período clásico, sin embargo, hay evidencias de asentamientos durante el período preclásico. Santa Ana ha formado parte a la cultura maya, y principalmente pipil; sus moradores habitaron en el municipio y en todo el departamento; fundando la ciudad, pero actualmente, se pasó a convertir en lo que es el Barrio de Santa Bárbara, entre los ríos Apanteos y Apanchacal. Durante el siglo XVI es conquistada y colonizada por los españoles, quienes la renombran como Santa Ana, formando parte de la alcaldía mayor y posterior intendencia de San Salvador dentro del Imperio Español hasta el año 1821; luego pasa a formar parte del estado de El Salvador dentro de la República Federal de Centroamérica. Después de la disolución de la República Federal de Centroamérica, se convierte en una república soberana e independiente, iniciando un período de convulsión política, económica y comercial dominada por los grandes terratenientes.